魏晋南北朝时期，因佛教盛行，道教广为传播，儒学吸收佛教、道教的精神，有了新发展。隋朝时，儒学家提出“三教合归儒”即“三教合一”。主张以儒学为主，调和并吸收佛教、道教的理论。唐朝时，奉行三教并行政策，即尊道、礼佛、崇儒。北宋时，儒学者冲破汉唐儒学束缚，融合佛道思想来解释儒家义理，形成新儒学体系———“理学”即“程朱理学”。
“二程”认为：天理是万物的本源，并且把天理和伦理道德直接联系起来，朱熹认为天理就是作为道德规范的三纲五常。理学所强调的义理，实质就是儒学的伦理道德学说。理学是以“理”或“天理”为核心，既贯通宇宙自然和人生命运，又继承孔孟正宗，并能治理国家的新儒学，标志着儒学的成熟。理学是儒学发展过程中出现的新体系，是儒学发展的一个新阶段。
明清时期，黄宗羲、顾炎武和王夫之三位进步思想家对传统儒学批判继承，黄宗羲批判旧儒学的“君为臣纲”的思想，继承先秦儒家的民本思想，提出“天下为主，君为客”，抨击封建君主专制制度。顾炎武批判道学脱离实际的学风，主张发挥孔子的“博学于文”“行己有耻”的积极思想，倡导经世致用。王夫之继承了以前思想家的唯物思想，并加以发展，具有划时代意义。
他们虽然批判传统儒学，但仍是著名的儒学大思想家，是儒学的信徒。他们的新主张适应了当时资本主义萌芽发展的要求，但没有形成完整的理论体系，实质上仍属于传统儒学的范畴，不是资本主义性质的思想。总之，董仲舒的“罢黜百家，独尊儒朮”，奠定了儒家思想的正统地位，其后传统儒学虽然受到挑战，但儒学家并没有与孔孟儒学背道而驰，而是不断改造、深化儒学，进一步巩固了儒学在中国传统文化中的主体地位。
西汉董仲舒的建议”罢黜百家、独尊儒术”，对中国历史有怎样的影响？
影响有好有坏！汉武帝时期，百家争鸣，为改变这种局面，形成专制统一思想；汉武帝采用了董仲舒的建议“罢黜百家,独尊儒术”，以儒家为正统学说,排斥其他各家。并大力推行儒学，开举太学（古代最高学府），以儒家五经为本，教化后来者，使得儒家思想成为我国封建社会正统思想和几千年来思想的主流，进而巩固了“大一统”思想…！除统一、固化思想，“罢黜百家,独尊儒术”也有它消极的一面，一味的文化专制，独尊一家，使得其他各家学说思想渐渐失传，不仅压制了后学者的思维进步，也造成了后学者思想保守，守旧，封闭以及落后的困局！。
