第一是往后的历史必须全都改写，现存所有的《永乐大典》全是伪书，600年来的后人全被骗了；第二是朱棣这哥们必须睡在一个小型图书馆里，作为一个热爱战争的帝王，这绝对是个悲剧......所以题主的问题和吐槽机的段子一样扯淡......两个版本的《永乐大典》按史料记载《永乐大典》修成后一直收藏在南京文渊阁内，后来成祖迁都北京，带着其中一部分去了新都，收藏在文楼之中。
后来历代皇帝时都有人请求誊抄该书，但是因为皇帝都是穷逼或者文盲而没有实现。到了嘉靖年间，这个爱好修道的皇帝非常喜欢《永乐大典》，常随身携带着当枕边书看，大抵出恭时候也会看两段。于是这个历史评价偏低的哥们在嘉靖四十一年八月下令誊抄，隆庆初期这项工作才算完成。从此《永乐大典》就有了两个版本，“永乐正本”归还到了南京文渊阁，“嘉靖抄本”留在北京皇史宬（就是皇家图书馆），我们现在流传的《永乐大典》其实都是嘉靖抄本。
命运多舛的嘉靖副本起码有足够的证据显示在万历年间嘉靖副本还是完整存在的，因为有人上书万历想再抄一份，然而又懒又爱钱如命的万历则表示，滚！马不停蹄的滚！有多远滚多远！想动我的小钱钱就是生死大仇！在之后的记录就到了清朝康熙年间，徐乾学和高士奇等人在皇史宬中找到了副本，但发现有缺失。雍正年间为了保护这个巨著，将其运到了翰林院保存，这下就彻底坑了，一群文贼下手超方便的，乾隆修《四库全书》派人去找时发现丢了1000多册，只剩下8000多册了。
然后又一票文贼趁着修《四库全书》上下其手，把乾隆大哥气得又开始写诗，“大典犹看永乐传，搜罗颇见费心坚。兼及释道欠精覆，久阅沧桑惜弗全”。然而事实证明乾隆的诗写早了。清咸丰年间，英法联军攻占北京，翰林院被洗劫，大量典籍本焚毁和丢失。光绪元年时大典已不足4000册，丢了一大半。之后清朝对文献管理力度急剧下降，光绪二十年再查就只剩800多册。
光绪二十六年，义和团攻打外国使馆，翰林院被一把火烧了，这回清点《永乐大典》只剩下64册，还被一个哥们带回了自己家保存。至此整个嘉靖副本彻底全部散佚，没人知道究竟毁了多少，留存多少。新中国成立后随着外国归还、民间发现等方式收拢，目前中国国家图书馆收藏着161册，还有散藏于9个国家和地区的34个公私收藏机构的257册，全世界只能找到418册，不及全书的5%，惜哉！成为悬案的永乐正本《永乐大典》最神秘的就是正本的下落，基本上从嘉靖抄书之后就没啥记载，有明确线索显示找不到了还是在乾隆年间。
当时发现副本散佚较多时乾隆曾经下旨全国，希望能够补全，终无所得。目前对于正本下落有这么四个比较流行的说法，每个说法都有一定的依据，但是每个说法也有很大的硬伤：毁于明末说：这个说法见于《四库全书总目》，原文为“明祚既倾，南京原本和皇史宬副本并毁”。但是大哥们，你们编书的时候就拿着副本借鉴来着啊？这么睁眼说瞎话不好吧？于是他们又想了一种方式，说嘉靖其实录了两个副本，一个录全了，在明末被毁，另一个只录了8000多册，在我们手里。
总之我们是没有窃书的！毁于万历大火说：这个说法出自明末学者谈迁和顾炎武，在万历年间南京文渊阁曾经有着过一次大火，所以他们认为这书已经烧掉了。可是天启年间的南京礼部尚书李维桢却在自己书里批评过大典太冗繁，显然是曾经看过，这个说法也被推翻了。毁于李自成离京纵火说：这说法一般在民间流行，其实压根没啥根据，而且正本当时也并不在北京。
毁于清嘉庆年间乾清宫大火说：这个说法的出处是清末学者缪荃孙，他翻阅典籍发现雍正其实副本运到翰林院时全祖望希望用乾清宫里的正本不全副本。于是推测当时正本在乾清宫，又联想到嘉庆年间乾清宫的大火，于是提出这个推测。然而我们知道其实也不靠谱，中间还夹一个乾隆呢，他可是写诗求补全的，如果在乾清宫他就不用写诗了。
陪葬嘉靖说：这个说法的理由挺好玩儿的，嘉靖皇帝下葬晚了3个月，考虑录副本进度，应该是在等正本用完拿来陪葬。他本人非常喜欢大典，用来陪葬的可能性很高。有道理，但是没证据，目前来说这可能是最说的通的下落。总结起来吧，挖开朱棣的长陵绝不可能找到全本《永乐大典》的，而且吐槽机还得遗憾的告诉大家，挖开嘉靖的永陵也大概率无法得到全本《永乐大典》，因为永陵地宫进过水，即使在里面也泡坏了。
