南京吏部负责南京地方官吏六年一次的京察考功，北京吏部无权干涉过问。南京户部征收南直隶与浙江、江西、湖广诸省钱粮赋税，换言之负责着明朝一多半的收入，同时负责漕运与全国的盐引勘合、黄册收藏管理，其地位丝毫不逊于北京户部。南京兵部负责南京的守备，南直隶诸卫所由其直辖。南京刑部负责南京诸司、公侯伯爵府、京卫所的刑名，拥有与北京刑部同等的司法权。
南京工部职责与北京工部一样，但只负责南京地区。南京礼部最闲散部门，因为南京相关祭祀仪式、外宾接待之类的活动几乎没有。由此其实也能够看得出，明朝在南京留下的机构虽然完整，但是这些衙署，要么不管事，要么只管理南直隶等局部地区，这是与北京的朝廷最大的区别。除了少数特例之外，南京大多数的职缺都是虚职，根本用不着去管理什么具体事务，担任者也非常清闲，当时这些人也被称作是“吏隐”。
明朝时期，经常有北京地区的官员在年老之后，就会前去南京任职，待遇什么的不变，但工作内容却几乎清空，变成了一个养老的地方。当然，也有一种情况，那就是有些官员被贬到了南京担任同样的职务，看着像是平级调动，但实际上就是被贬被削，以后再想出头，几乎就没有可能了。整体来说，明朝两个京城，但朝廷始终只有一个，南北两京的机构虽然一样，可负责的具体职能根本没有冲突，自然也不会有什么乱套的情况。
朱棣死之前是怎么安排传位的呢？
《大明风华》把朱棣传位描述地惊心动魄，吸足了观者的眼球。本来，帝王出征在外驾崩，皇太子健康欠佳，几个诸侯王又飞扬跋扈、虎视眈眈，没有故事发生也不太合乎常理。尽管皇太子朱高炽顺利登基，没有出现意外，但这个过程绝不轻松。01朱高炽的太子之位并不稳固洪武二十八年（1395年），燕王朱棣的长子朱高炽，深得明太祖朱元璋喜爱，被朱元璋诏令立为燕王世子，确定为燕王的继承人。
但朱棣对于朱高炽并不是很感冒，由于他身体肥胖，不便随军作战，朱棣每次出征，都把朱高炽留在后方监国。朱棣曾经怀疑太子有不轨行为，就命礼部侍郎胡濙暗中监视太子的行为。朱棣对朱高炽已经有了成见，但胡濙被太子的诚实所折服，”以皇太子诚敬晓谨七事密奏之，自是上疑始释。“由于胡濙的劝谏，朱棣才打消了对朱高炽的怀疑，取消了改立太子的想法。
但是，朱棣对其次子朱高煦却颇为欣赏，认为他更像自己，且作战勇猛，在武将中威信很高，几次救朱棣于危难之中，朱棣也曾许下诺言说：”努力吧，皇太子身体不好，多有疾病。“其言外之意，就是说太子恐怕活不了很久，他之后太子之位就是你的啦。朱高煦也冲着朱棣这个话，屡屡与朱高燧一起谋篡太子之位。但由于朱高炽之子朱瞻基及大臣胡濙等的极力维护，朱高炽的太子之位是保住了。
但朱高煦等人的觊觎之心，却并没有因此而彻底消失。02朱棣在北征途中突然驾崩，给帝位传承带来了极大的变数永乐二十二年（1424年），为了稳固北疆，朱棣留下皇太子朱高炽监国，御驾亲征，第五次远征蒙古。就在得胜回师的途中，到达榆木川时（今内蒙古乌珠穆沁），突然得病身亡，享年六十五岁。据《明史·成祖本纪》记载：（七月）十六日，临时住苍崖戍，觉身体不适。
十七日，到榆木川，病情突然加重。留遗诏传位皇太子，丧礼尊从高皇帝遗制。十八日，成祖死，终年六十五岁。当时太监马云与大学士杨荣、金幼孜等人秘密商议，决定秘不发丧，用锡融化后制成内棺，装殓成祖遗体，用龙车运载，所到之处，早晚饮食同往常一样，安排地方官吏依照礼制照常供给。七月十九日，杨荣与御马监少监海寿飞马回京向皇太子报丧。
八月二日，杨荣等赶到北京，皇太子朱高炽于当天派遣皇太孙朱瞻基，奉迎成祖灵柩于开平。七日，住在雕鹗谷，皇太孙到军中发丧。十日，到北京近郊，皇太子迎入仁智殿，加棺材后殓入灵柩。之后，葬于长陵，庙号太宗。03朱高炽顺利登基，政权实现平稳过渡。从成祖本纪与朱高炽传记的一些资料来看，朱高炽得知成祖驾崩时间的记载并不一致。
成祖本纪记载，八月二日，杨荣等赶到京城，皇太子朱高炽派遣朱瞻基赶到开平奉迎成祖灵柩。而朱高炽传记资料则说，八月二十五日，朱高炽才得知朱棣之死，皇帝的代表带着传位遗诏到达北京，这个时间有差距。朱高炽得知这一消息后，立刻与吏部尚书蹇义、大学士杨士奇和杨荣商议。随后下令加强京城治安，并派大太监王贵通去南京镇守。
