在此之后，吴三桂也在高官厚禄面前，彻底放弃了“光复明朝”的想法，同时也揭下了他“大明忠臣”的伪装，一次次的将兵锋指向了他曾经宣誓效忠的朱明后裔，成为了清朝荡平南明小朝廷的先锋。清顺治十八年（1661年），吴三桂亲率大军攻入缅甸，逼迫缅甸国王交出了流亡在缅甸的南明永历政权的皇帝朱由榔，第二年即康熙元年（1662年），吴三桂又在昆明篦子坡将其全家绞杀。
可以说，吴三桂是亲手埋葬了明朝残存抵抗力量的希望，同时也断绝了明朝最后的皇统。擒杀永历帝，是吴三桂交纳的“投名状”，更是帮了整个清朝的大忙。众所周知，清朝一直以来都是以明朝的“继任者”自居，并且始终强调，明朝是被李自成攻灭，而清朝的江山是从李自成手中抢来的，包括清军入关时，也是打着“剿灭李自成，为崇祯皇帝报仇”的口号。
历代清朝帝王也是始终将祭拜十三陵作为一项重要的仪式庆典，这些无疑都是为了证明清朝夺取江山的“合法性”。当然，这都只是政治上的“阴谋论”，真正当朱明子孙被清朝所俘获的时候，等待他们的便是非常悲惨的结局。当年南明弘光政权的小福王朱常洵以及鲁王、荆王等人，都是被扣上了谋逆的罪名加以处死，而在《明史》中，对于朱明子嗣的屠杀都写成了“镇压暴乱”：“顺治三年五月壬戌，京师纷传故明诸王私匿印信，谋为不轨，及行查，果获鲁王、荆王、衡王世子金玉银印，鲁王等十一人伏诛。
”特别是朱常洵，连名字都没有提，将其淡淡的放在了“等十一人”之中，真可谓是“别有用心”。到了康熙年间，民间不断爆发打着“前明朱三太子”名义的起义活动，而当真正的崇祯皇子朱慈焕被擒拿的时候，康熙皇帝迫不及待的将其全家凌迟处死，罪名则是冒充去“前明皇子”，为的也是要掩盖其真实的身份，来维系达清王朝统治的合法性。
于是，当永历皇帝朱由榔被擒获的时候，其实清朝也面临着一个重大的难题，那就是如何处置朱由榔。如果将朱由榔押送到北京，一路上山高水远，必然会遭遇明朝的残存抵抗力量的抢夺，这是清朝朝廷所不希望看到的。即便是将其顺利护送到了北京，对其如何处置，也将引发巨大的朝堂震动，毕竟朱由榔已经在南方做了十多年的“皇帝”，尽管政权是风雨飘摇，他本人也是颠沛流离，但是毕竟是朱明后裔，有着极强的舆论基础与合法性的根基，这对于尚未完全稳固的清朝朝廷来说，是一个莫大的威胁。
而如果真的是由朝廷下令将其处死，所引发的动荡和影响也将是极为深远的。在这样的情况下，吴三桂非常“主动”的绞死朱由榔，算是帮了朝廷的大忙。一方面，清朝这面除掉了威胁王朝统治根基的巨大隐患，同时对于各地“反清复明”的起义也给予了一次巨大的打击。另一方面，则是继续维持了大清王朝作为大明王朝“继任者”的“良好形象”，维持了政治统治与政权来源的合法性基础，可谓是一举两得。
当然，对于吴三桂而言，这也是他必须要向清朝缴纳的“投名状”，因为此时吴三桂急需通过实际行动持续性的向清朝表明自己的忠心。在清朝初年的四位“异姓王”中，相较于“三顺王”，即定南王孔有德、平南王尚可喜、靖南王耿仲明，吴三桂是投降时间最晚的。当初，孔有德等人在“吴桥兵变”后投降，当时的后金在实力不能与后来同日而语，甚至可以说孔有德、尚可喜、耿仲明三人的投降，颇有一种加入“创业团队”的意味，而他们的王爵也是早在崇德元年（1644年）皇太极改元称帝的时候，就已经被册封的，足可见当时皇太极对这三人的重视。
而不同于“三顺王”这样的主动归降，吴三桂的投降更多的时候是可以看作为被逼无奈之下的“阵前投降”。与此同时，吴三桂与明朝之间，并不像孔有德等人那样，有着非常不堪的过往与极深的仇恨。所以，如果单从投降的基础与动机而言，吴三桂并不牢靠，而清朝安排吴三桂之子吴应熊迎娶建宁公主并将其留在北京，实际上就是出于对吴三桂的不放心，进而将其当作了人质。
因此，与孔有德等人的“从零做起”不同，吴三桂更像是“从负做起”，而他先做的，就是坚决而又彻底的将自己同大明王朝撇清关系，或者说，与大明王朝之间产生“仇恨”，这样才能表明自己的忠心，获得清朝朝廷的信任。对于清朝朝廷而言，吴三桂擒杀永历皇帝朱由榔，也能起到“一石三鸟”的目的。一来，正如前文中说到的，朱由榔是断然不能留存的，而同时，朱由榔也是不能由朝廷下旨处死，所以，通过吴三桂将其绞杀，为的还是维系请朝统治的合法性。
