此时距离慈禧太后完成盛殓，封闭地宫入口仅过了19年。孙殿英一伙进入地宫后，首先将地宫内的陪葬宝物洗劫一空，并下令士兵将盛有慈禧太后尸首的棺椁砍开。内棺刚打开时，在场人都被惊呆了。人们看到的是满棺的奇珍异宝发出的耀眼光芒。仔细一看，他们发现“老佛爷”的面容看起来竟如同刚下葬时的样子，富有光泽。众人以为“诈尸”，慌忙退后，但过了不一会其面部便发黑塌了下去。
稍有常识的人都知道这是因为尸体接触到了空气中的氧气进而发生氧化的结果。孙殿英命士兵将慈禧尸体从棺中抬出扔到地宫一旁，并扒去其身上衣物，仅留一内裤。为取出慈禧口中所含夜明珠，士兵用刀将其脸部的嘴角处砍破。慈禧太后生前一人之下万人之上，贵极人臣。做梦也不会想到自己死后会遭此如此巨大凌辱！真是应了那句话：“时也，势也，命也，运也，非吾之所能也。
”东陵案发生后，末代皇帝溥仪听闻此消息，气的捶胸顿足，但亦无可奈何。不久溥仪便命皇族中的前朝大臣载泽、宝熙等人前往东陵善后。他们来到慈禧地宫后，很快就找到了在地宫一角的慈禧尸体。只见慈禧尸体面色灰白，两眼深陷无珠，嘴角有明显伤痕、颧骨高隆。他们一行人将慈禧尸体重新入殓。还是使用原来的旧棺木，在棺内底部铺了一件黄缎褥子，然后将慈禧尸体重新平躺放进棺内，并为其盖上了一条崭新的黄缎被子。
然后将在地宫中寻获的慈禧生前剪下的指甲和牙齿重新包好一同放入棺内。之后便盖上了棺盖，棺材外面重新刷漆封盖。1979年，清东陵文物保管所派人重新清理了慈禧地宫，但没有动其棺内。4年之后的1983年，保管所领导决定重新清理慈禧棺内。当年12月6日，他们再次打开了慈禧棺材，这距离上次载泽等人的善后又过去了整整55年。
清理人员发现慈禧遗体是被一黄缎被子紧紧覆盖着。由此可以想象这55年内，没有人再动过慈禧棺内。看到此景后，清理人员便又重新盖上了盖子，然后封闭地宫。并向上级领导汇报了慈禧棺内情况。第二年，即1984年，国家文物局正式组织一批专家会同东陵保管所的部分人员共计10人，重新进入慈禧地宫。专家们再次打开慈禧棺材，然后将其尸体从棺材内小心抬出。
首先测量了慈禧尸体的长度，约为153厘米。然后在慈禧棺内喷洒了防腐消毒液，之后便将尸体重新抬进棺内，并将那包装有慈禧指甲和牙齿的小包一同放回，然后盖上了棺盖。另外又找来木工将慈禧之前的棺材外椁修复了一下，并将其重新盖在了内棺上。这也是继孙殿英盗掘后，第三次打开慈禧棺内。时至今日，我们去清东陵慈禧陵地宫参观看到的就是这次清理后的样子。
